南京中醫藥大學始建于1954年，是中國建校最早的高等中醫藥院校之一，是教育部和江蘇省共建的國家“世界一流學科建設高校”，是江蘇省人民政府與國家中醫藥管理局共建高校、江蘇省重點建設高校、江蘇省高水平大學建設高校。
南京中醫藥大學是世界一流中醫藥大學建設聯盟、長三角醫學教育聯盟創始成員，是世界衛生組織（WHO）傳統醫學合作中心、國家衛生部確定的國際針灸培訓中心、全國首批博士和碩士學位授權單位、全國古籍重點保護單位、全國中醫師資進修教育基地、國家建設高水平大學公派研究生項目實施高校、國家“特色重點學科項目”建設高校、國家“卓越醫生（中醫）教育培養計劃”改革首批試點高校、國家級人才培養模式創新實驗區、中國政府獎學金來華留學生接收院校。